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缢蛏ABC转运蛋白基因家族成员全基因组鉴定及表达模式分析
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作者 杨凡 李治平 +1 位作者 董迎辉 任建峰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第1期172-184,共13页
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter,ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生... 腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter,ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生理活动。目前,对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定,仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas)3种双壳类中有系统研究,对缢蛏(Sinonovacula constricta)ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据,运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、Ex PASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具,在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白,并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析;通过系统进化分析,将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族,即ABCA~ABCH;通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族,推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示,ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值,ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺和性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群,目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类,缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。 展开更多
关键词 缢蛏 ABC转运蛋白 序列分析 表达模式
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缢蛏(Sinonovacula constricta)耐氨氮关联SNP验证及相关基因NKA在氨氮胁迫下的表达特征分析
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作者 胡晨馨 吕丽媛 +3 位作者 孙改改 姚韩韩 林志华 董迎辉 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1413-1423,共11页
为筛查和验证缢蛏(Sinonovacula constricta)耐氨氮相关单核苷酸多态性(SNP)和基因,为分子标记辅助育种提供参考,通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)对位于缢蛏NKA基因(Sc-NKA)下游的SNP(g.21062868T>A)进行验证,采用实时荧光定量PCR... 为筛查和验证缢蛏(Sinonovacula constricta)耐氨氮相关单核苷酸多态性(SNP)和基因,为分子标记辅助育种提供参考,通过竞争性等位基因特异性PCR(KASP)对位于缢蛏NKA基因(Sc-NKA)下游的SNP(g.21062868T>A)进行验证,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和蛋白免疫印迹(WB)检测高氨氮胁迫下Sc-NKA基因的表达水平,用免疫荧光技术对Sc-NKA蛋白进行组织细胞定位,通过RNA干扰探究Sc-NKA基因在氨氮排泄中的作用。结果显示,SNP位点(g.21062868T>A)与氨氮耐受性状显著相关(P<0.05);Sc-NKA基因在氨氮胁迫后的mRNA和蛋白表达量均显著增加(P<0.05);缢蛏鳃中的柱状细胞和扁平细胞是Sc-NKA蛋白分泌的主要部位,且在氨氮胁迫后细胞中的蛋白丰度增加;干扰Sc-NKA基因6~48 h后,缢蛏血淋巴中氨含量显著升高(P<0.05),且Na^(+)-K^(+)-2Cl共转运蛋白1(NKCC1)的mRNA表达水平显著降低(P<0.05)。这些研究结果表明,Sc-NKA参与氨氮的排泄过程,且与NKCC1在氨氮转运中具有协同作用。 展开更多
关键词 缢蛏 Na^(+)/K^(+)-ATPase 氨氮排泄 基因表达 RNA干扰
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