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东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析(英文) 被引量:4
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作者 林张翔 王营营 +2 位作者 付菲 叶楚玉 樊龙江 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期397-403,共7页
为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并... 为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并同时利用生物信息学手段和聚合酶链反应扩增进行补洞.最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列,大小为134 537bp,大、小单拷贝区和反向互补重复区大小分别为80 585bp,12 346bp,20 803bp,共注释叶绿体基因152个.基于获取的东乡野生稻及其他稻属物种叶绿体基因组序列进行系统进化分析,研究结果支持已有的关于栽培籼粳稻起源的结论,即栽培籼粳稻分别与野生稻聚类到2个亚群中,其中粳稻与中国普通野生稻聚在1个亚群中,表明粳稻驯化起源于中国,而籼稻起源于另外一次独立驯化过程. 展开更多
关键词 野生稻 叶绿体基因组 高通量测序 水稻驯化 东乡野生稻(中国)
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茶树“龙井43"叶绿体基因组测序及其系统进化(英文) 被引量:8
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作者 叶晓倩 赵忠辉 +5 位作者 朱全武 王营营 林张翔 叶楚玉 樊龙江 须海荣 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期404-412,共9页
利用高通量测序技术对中国茶树品种龙井43"叶绿体基因组的全序列进行测定,拼接补洞后再利用Sanger测序法对序列进行验证,最终得到龙井43"叶绿体基因组全序列(GenBank登录号:KF562708.1).该基因组大小为157 085bp,其中大... 利用高通量测序技术对中国茶树品种龙井43"叶绿体基因组的全序列进行测定,拼接补洞后再利用Sanger测序法对序列进行验证,最终得到龙井43"叶绿体基因组全序列(GenBank登录号:KF562708.1).该基因组大小为157 085bp,其中大单拷贝区的长度为86 642bp,小单拷贝区的长度为18 283bp,反向重复区的长度为26 080bp,共注释叶绿体基因134个.与韩国茶树品种叶绿体基因组序列比对,在编码区发现15个基因发生了非同义突变,在非编码区有100多个多态性位点,这些突变可作为茶树品种鉴定的DNA标记.同时,选取12个中国茶树品种,对其叶绿体基因组上的特异性片段(ycf1,psbA-trnH,psbK-psbI-psbI)进行测序比对并构建系统进化树.结果表明:12个茶树品种在进化树上分为2个亚群,其中凌云白毛茶"单独形成一支,其他11个品种形成一支;而11个品种中,龙井瓜子"龙井长叶"龙井圆叶"中茶102"形成一支,自展支持率为100%.表明利用叶绿体基因片段可有效区分茶树品种间的亲缘关系. 展开更多
关键词 龙井43 叶绿体基因组 高通量测序 亲缘关系 系统发育树
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2个转基因抗虫杂交棉Bt蛋白含量的时空表达特性研究 被引量:7
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作者 余恩 蔡芸菲 +2 位作者 赵茹冰 陈进红 祝水金 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期17-22,共6页
采用双抗夹心酶联免疫(enzyme linked immuno-sorbent assay,ELISA)的方法,分析了2个转苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)基因杂交棉(浙大13-1和浙大13-2)以及转Bt基因纯系亲本不同生育期和不同器官的Bt蛋白表达规律。结果表明,Bt... 采用双抗夹心酶联免疫(enzyme linked immuno-sorbent assay,ELISA)的方法,分析了2个转苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)基因杂交棉(浙大13-1和浙大13-2)以及转Bt基因纯系亲本不同生育期和不同器官的Bt蛋白表达规律。结果表明,Bt基因在所检测的转基因抗虫杂交棉品种和转基因纯系亲本各器官中均有表达,但不同器官Bt蛋白含量明显不同,品种之间各器官的Bt蛋白含量也有明显差异。2个转基因抗虫杂交棉品种苗期以三叶期的子叶最高,苗期叶片次之;苗期根系和茎秆中Bt蛋白表达呈抛物线形,分别在第33天和第40天达到峰值,其中根系表达量高于茎秆。叶片中的Bt蛋白含量随着棉花生长发育进程而降低,盛花期Bt蛋白含量最低,之后又有所增强,整个生育期呈"V"字形规律。转基因抗虫杂交棉品种盛花期棉株各器官中,花药的Bt蛋白含量显著高于同期其他器官。2个杂交棉品种之间各器官的Bt蛋白含量的趋势基本相同,但浙大13-1器官中的Bt蛋白含量大多高于浙大13-2。亲本各器官中的Bt蛋白含量高于其杂交棉品种,但植株生长后期的叶片和花药中的Bt蛋白低于其杂交棉品种,二者有明显差异。 展开更多
关键词 棉花 抗虫杂交棉 BT蛋白 时空表达 酶联免疫
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基因型和环境对陆地棉种子中7种矿物元素含量的影响 被引量:3
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作者 蔡芸菲 余恩 +4 位作者 赵茹冰 黄洁琼 何秋伶 陈进红 祝水金 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期460-469,共10页
为探究基因型和环境及两者互作对棉籽中主要矿质元素含量的影响,以10个陆地棉品种在长江流域棉区10个试点的样品为研究材料,测定棉籽中7种矿质元素N、P、K、Na、Ca、Mg和S的含量,并进行相关分析。结果表明:基因型、环境及两者互作对棉籽... 为探究基因型和环境及两者互作对棉籽中主要矿质元素含量的影响,以10个陆地棉品种在长江流域棉区10个试点的样品为研究材料,测定棉籽中7种矿质元素N、P、K、Na、Ca、Mg和S的含量,并进行相关分析。结果表明:基因型、环境及两者互作对棉籽中7种主要矿质元素含量均有极显著的影响;P含量与Mg、N与Na含量呈极显著正相关。棉籽中矿质元素含量主要受环境影响,但基因型及两者互作对其影响也不容忽视。在棉籽成熟过程中N、P、Mg同步积累,合理施用Na对棉籽矿质元素的积累有促进作用。这些结果为棉花种籽品质改良提供理论基础,并为棉花种籽的综合利用和棉花生产提供有益的借鉴。 展开更多
关键词 GOSSYPIUM hirsutum 棉籽 矿质元素 基因型 环境 互作 相关分析
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棉仁植酸含量的离子色谱测定方法研究 被引量:2
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作者 陆智辉 阎君 +3 位作者 辛文慧 徐晓建 祝水金 陈进红 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2015年第6期561-569,共9页
为准确测定棉仁植酸含量,本研究从提取工艺、色谱条件改进等方面入手,优化建立了棉仁植酸含量的快速提取及离子色谱测定方法:棉仁粉样品烘干后用乙醚脱脂,以10 m L 0.66 mol·L-1的HCl提取,沸水浴1 h,4℃震荡12 h,离心分离,取上清... 为准确测定棉仁植酸含量,本研究从提取工艺、色谱条件改进等方面入手,优化建立了棉仁植酸含量的快速提取及离子色谱测定方法:棉仁粉样品烘干后用乙醚脱脂,以10 m L 0.66 mol·L-1的HCl提取,沸水浴1 h,4℃震荡12 h,离心分离,取上清液稀释并纯化后上样分析;采用DIONEX ICS-2000离子色谱仪、AG11-HC Guard(4 mm×50 mm)保护柱和AG11-HC Analytical(4 mm×250 mm)分离柱,在30.0 mmol·L-1的KOH为淋洗液,流动相流速为1.0 m L·min-1,采样时间为25 min,抑制电流为75 m A,柱温30℃,进样量20μL的条件下进行检测。结果表明,棉仁植酸的回归曲线R2为0.999,在检测浓度内线性关系良好;各项指标相对标准偏差均在5%以内,平均回收率为98.64%~102.31%,检出限(样品中检出待测物的最小浓度)为0.059μg·m L-1,定量限(样品中待测物能被定量测定的最低量)为0.196μg·m L-1。 展开更多
关键词 棉仁 植酸 离子色谱
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不同脂肪酸种类及浓度对棉纤维分化发育的影响 被引量:1
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作者 孙英超 刘伟 +2 位作者 何秋伶 祝水金 陈进红 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期621-626,共6页
以陆地棉标准系TM-1为材料,利用棉花胚珠离体培养技术并结合对纤维分化发育状态的扫描电镜观察,研究豆蔻酸(C14)、棕榈酸(C16)、硬脂酸(C18)、油酸(C18:1)、亚油酸(C18:2)、花生酸(C20)、山嵛酸(C22)、木蜡酸(C24)等不同链长脂肪酸以及... 以陆地棉标准系TM-1为材料,利用棉花胚珠离体培养技术并结合对纤维分化发育状态的扫描电镜观察,研究豆蔻酸(C14)、棕榈酸(C16)、硬脂酸(C18)、油酸(C18:1)、亚油酸(C18:2)、花生酸(C20)、山嵛酸(C22)、木蜡酸(C24)等不同链长脂肪酸以及不同浓度棕榈酸对棉纤维分化发育的影响.结果表明:在离体培养基中添加棕榈酸(C16)对棉纤维的分化发育及伸长有较明显的促进作用,特别是在培养基中添加5.0μmol/L棕榈酸纤维的伸长最明显,其纤维平均长度为1.086mm,比对照增加53.4%,差异具统计学意义(P<0.01),而棕榈酸浓度过高则抑制纤维的伸长;木蜡酸(C24)对纤维伸长也表现出一定的促进作用,纤维平均长度比对照增加21.9%(P<0.05);扫描电镜观察表明,在5.0μmol/L棕榈酸处理下胚珠表面光滑且突起多、密,分布均匀;添加硬脂酸、油酸或山嵛酸的处理几乎没有出现突起.说明在本试验条件下,在棉花胚珠离体培养中促进纤维分化发育的棕榈酸适宜浓度为5.0μmol/L. 展开更多
关键词 陆地棉 胚珠离体培养 脂肪酸 棕榈酸 纤维分化发育
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植物非编码小RNA研究进展(英文)
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作者 沈恩惠 刘扬 +1 位作者 叶楚玉 樊龙江 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期370-378,共9页
在植物和动物中存在着大量非编码小RNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用.本文主要综述了该领域在以下2方面的研究进展.1)微RNA(miRNA)介导的具有相位排列的小干扰RNA(phasiRNA):由miRNA介导的phasi... 在植物和动物中存在着大量非编码小RNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用.本文主要综述了该领域在以下2方面的研究进展.1)微RNA(miRNA)介导的具有相位排列的小干扰RNA(phasiRNA):由miRNA介导的phasiRNA可由编码和非编码位点产生;介绍了phasiRNA产生的模式特征,以及phasiRNA和miRNA的进化机制.2)介绍了最近出现的内源miRNA诱捕靶标(endogenous target mimics,eTMs)研究进展,包括利用人工诱捕靶标检验miRNA的功能,通过生物信息学方法在全基因组水平计算识别eTMs等. 展开更多
关键词 微RNA 小干扰RNA 相位排列的小干扰RNA 内源诱捕靶标 生物信息学
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