目的通过对不明原因复发性流产(URSA)孕妇绒毛组织的lncRNA比对参考基因组进行注释,探究URSA中潜在的lncRNA生物学靶点。方法收集4例URSA(实验组)和4例选择性终止妊娠(ETP)孕妇(对照组)的绒毛组织样本,使用StringTie处理并预测各转录本,...目的通过对不明原因复发性流产(URSA)孕妇绒毛组织的lncRNA比对参考基因组进行注释,探究URSA中潜在的lncRNA生物学靶点。方法收集4例URSA(实验组)和4例选择性终止妊娠(ETP)孕妇(对照组)的绒毛组织样本,使用StringTie处理并预测各转录本,DESeq2获得差异表达lncRNA,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析对lncRNA反式调控及lncRNA顺式调控潜在通路进行探索。结果使用4种编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选,共有474个共表达转录本,接着DESeq2获得差异表达lncRNA,有705个显著上调lncRNA数目和107个显著下调表达lncRNA数目,对差异表达的lncRNA和所有差异表达的基因进行共表达分析,其中lncRNA反式调控分子功能主要作用在蛋白结合,生物过程发生在细胞外基质组织,存在于细胞表面。KEGG结果显示其主要是作用于lncRNA HLA-DQA2进而富集在金黄色葡萄球菌感染通路。lncRNA顺式调控分子功能主要作用在蛋白结合,生物过程发生在RNA聚合酶对转录的调节,存在于核染色质。KEGG富集结果显示其主要是作用于lncRNA HLA-DQA2以及BIRCT进而富集在弓形体病感染通路。结论lncRNA HLA-DQA2可能通过调控炎症感染信号通路导致不明原因复发性流产,其可能成为潜在的治疗靶点。展开更多
文摘目的通过对不明原因复发性流产(URSA)孕妇绒毛组织的lncRNA比对参考基因组进行注释,探究URSA中潜在的lncRNA生物学靶点。方法收集4例URSA(实验组)和4例选择性终止妊娠(ETP)孕妇(对照组)的绒毛组织样本,使用StringTie处理并预测各转录本,DESeq2获得差异表达lncRNA,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析对lncRNA反式调控及lncRNA顺式调控潜在通路进行探索。结果使用4种编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选,共有474个共表达转录本,接着DESeq2获得差异表达lncRNA,有705个显著上调lncRNA数目和107个显著下调表达lncRNA数目,对差异表达的lncRNA和所有差异表达的基因进行共表达分析,其中lncRNA反式调控分子功能主要作用在蛋白结合,生物过程发生在细胞外基质组织,存在于细胞表面。KEGG结果显示其主要是作用于lncRNA HLA-DQA2进而富集在金黄色葡萄球菌感染通路。lncRNA顺式调控分子功能主要作用在蛋白结合,生物过程发生在RNA聚合酶对转录的调节,存在于核染色质。KEGG富集结果显示其主要是作用于lncRNA HLA-DQA2以及BIRCT进而富集在弓形体病感染通路。结论lncRNA HLA-DQA2可能通过调控炎症感染信号通路导致不明原因复发性流产,其可能成为潜在的治疗靶点。
