目的基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53,EgTP53)的影响。方法将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接,从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center fo...目的基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53,EgTP53)的影响。方法将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接,从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)下载EgTP53的氨基酸序列,使用ProtParam蛋白分析工具进行EgTP53蛋白理化性质的预测,通过生信工具ProtScale进行疏水性的预测。使用SignalP5.0在线软件对信号肽进行预测,使用生物学在线软件工具TMHMM分析跨膜区域。借助NetPhos3.1在线软件预测磷酸化位点,利用SOMPA在线软件进行二级结构的预测。使用SWISS-MODEL在线软件对EgTP53的三级结构进行预测,采用IEDB在线软件进行B细胞抗原表位预测。使用MEGA6.0软件构建系统进化树并进行分析;采用实时荧光定量PCR技术检测去氢骆驼蓬碱作用后EgTP53蛋白的mRNA表达水平。结果分子对接结果显示,EgTP53与去氢骆驼蓬碱的对接能量为-4.44 kcal/mol,有良好的对接位点。生物信息学分析EgTP53氨基酸数量1108个,分子量121799.11,等电点9.29,属于亲水性蛋白,有一个信号肽,无跨膜区,有多个磷酸化位点,28个B细胞抗原表位。其中存在TUDOR蛋白结构域,存在2个BRCT保守蛋白结构域。EgTP53与亚洲带绦虫病、带状泡尾绦虫同属一个分支,与长膜带绦虫、矮小齿壳绦虫、微口膜壳绦虫同属绦虫纲,进化关系较近,与智人、家鼠、果蝇进化关系较远。实时荧光定量PCR结果显示去氢骆驼蓬碱干预组的EgTP53蛋白的mRNA表达较空白对照组明显上调。结论生物信息学分析表明EgTP53蛋白具有保守的功能结构域,对接点位稳定性良好,抗原表位多。展开更多
文摘目的基于生物信息学表达分析去氢骆驼蓬碱对细粒棘球蚴中EgTP53蛋白(Echinococcus granulosus of Tumor protein p53,EgTP53)的影响。方法将EgTP53蛋白与去氢骆驼蓬碱进行分子对接,从美国国家生物技术信息中心数据库(National Center for Biotechnology Information,NCBI)下载EgTP53的氨基酸序列,使用ProtParam蛋白分析工具进行EgTP53蛋白理化性质的预测,通过生信工具ProtScale进行疏水性的预测。使用SignalP5.0在线软件对信号肽进行预测,使用生物学在线软件工具TMHMM分析跨膜区域。借助NetPhos3.1在线软件预测磷酸化位点,利用SOMPA在线软件进行二级结构的预测。使用SWISS-MODEL在线软件对EgTP53的三级结构进行预测,采用IEDB在线软件进行B细胞抗原表位预测。使用MEGA6.0软件构建系统进化树并进行分析;采用实时荧光定量PCR技术检测去氢骆驼蓬碱作用后EgTP53蛋白的mRNA表达水平。结果分子对接结果显示,EgTP53与去氢骆驼蓬碱的对接能量为-4.44 kcal/mol,有良好的对接位点。生物信息学分析EgTP53氨基酸数量1108个,分子量121799.11,等电点9.29,属于亲水性蛋白,有一个信号肽,无跨膜区,有多个磷酸化位点,28个B细胞抗原表位。其中存在TUDOR蛋白结构域,存在2个BRCT保守蛋白结构域。EgTP53与亚洲带绦虫病、带状泡尾绦虫同属一个分支,与长膜带绦虫、矮小齿壳绦虫、微口膜壳绦虫同属绦虫纲,进化关系较近,与智人、家鼠、果蝇进化关系较远。实时荧光定量PCR结果显示去氢骆驼蓬碱干预组的EgTP53蛋白的mRNA表达较空白对照组明显上调。结论生物信息学分析表明EgTP53蛋白具有保守的功能结构域,对接点位稳定性良好,抗原表位多。
