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自噬相关基因在类风湿关节炎滑膜组织的表达及调控机制
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作者 陈雪芹 李灵兰 +6 位作者 付国涛 韩莉欣 毋瑞朋 熊咏民 史传道 刘启玲 张荣强 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期950-960,共11页
目的研究自噬相关基因(ATG)在类风湿关节炎(RA)中的表达调控和自噬机制。方法从GSE55235和GSE55457中鉴定出RA的差异表达基因(DEG),结合人类自噬数据库,筛选出差异表达自噬相关基因(DE-ATG)。利用STRING 11.0和GeneMANIA数据库建立蛋白... 目的研究自噬相关基因(ATG)在类风湿关节炎(RA)中的表达调控和自噬机制。方法从GSE55235和GSE55457中鉴定出RA的差异表达基因(DEG),结合人类自噬数据库,筛选出差异表达自噬相关基因(DE-ATG)。利用STRING 11.0和GeneMANIA数据库建立蛋白互作网络。此外,NetworkAnalyst和Cytoscape建立转录因子-基因-miRNA共表达网络。最后,受试者工作特征曲线分析和DrugBank鉴定预测生物标志物的效能和靶向药物的性能。GraphPad prism 8.2.1和R 4.0.3用于统计分析和图形制作。结果485个DEG在T细胞激活、激素调节、破骨细胞分化、RA和趋化因子等信号通路富集。11个DE-ATG通过hsa-mir-155-5p、RUNX1、TP53和SOX2等调控RA滑膜组织的表达,与四氯二苯二氧芑、二氧化硅有较强的环境因子调控关系。受试者工作特征曲线分析确定了具有良好敏感性和特异性的基因,如MYC、MAPK8、CDKN1A和TNFSF10,可用于区分某些表型,这可能是RA的新型生物标志物。结论DE-ATG在RA中表达下调可能会促进软骨细胞凋亡和分解,新型生物标志物的确立为诊断和治疗RA提供了新思路和方法,转录因子-基因-miRNA网络的建立为解析滑膜炎症和关节软骨破坏提供直接证据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 自噬 转录因子 MIRNA
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