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污水中肺炎克雷伯氏菌噬菌体的分离及其生物学特征、基因组分析
1
作者 邵瑞瑞 周青帅 +5 位作者 崔古贞 廖健 程玉梅 官志忠 齐晓岚 洪伟 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期320-331,共12页
为探究噬菌体作为治疗肺炎克雷伯菌感染的新型潜在疗法的可能性,本研究采用双层平板法将医院周边污水中3株肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行分离纯化,透射电镜观察噬菌体形态结构,并进一步分析噬菌体裂解谱、最佳感染复数、生长曲线和酸碱... 为探究噬菌体作为治疗肺炎克雷伯菌感染的新型潜在疗法的可能性,本研究采用双层平板法将医院周边污水中3株肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行分离纯化,透射电镜观察噬菌体形态结构,并进一步分析噬菌体裂解谱、最佳感染复数、生长曲线和酸碱耐受性等生物学特征,同时通过测序技术获得噬菌体全基因组信息并注释分析.实验结果表明,KP-ZS3为肌尾科噬菌体,KP-ZS4为短尾科噬菌体,KP-ZS6为长尾科噬菌体,且KP-ZS4的感染潜伏期稍长,KP-ZS3耐酸碱能力较强,KP-ZS6的裂解能力为3株噬菌体中最强、裂解谱较宽.3株噬菌体的外壳蛋白组分大小均在33~55 kD之间.此外全基因组分析发现KP-ZS3、KP-ZS62株噬菌体的基因组大小均在100 kb以上,噬菌体KP-ZS4的基因组相对较小(40608 bp).共线性分析显示噬菌体KP-ZS3与phiEap-3、Kp15高度相似;KP-ZS6与0507KN21、vB_EcoM_KWBSE43-6高度相似.KP-ZS4与Tyrion、TL-2011b相似度相对较低,序列一致性为76.77%、76.89%.以上结果表明,这3株噬菌体具有独特的生物学特性和基因组特征,它们在肺炎克雷伯菌感染治疗方面展现出不同的潜力和优势,特别是KP-ZS6因其裂解能力强和广泛的裂解谱,以及KPZS3因其强耐酸碱性,可能成为未来抗菌治疗的备用资源,这些发现为开发新型抗菌策略和治疗肺炎克雷伯菌感染提供了新的信息基础. 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 噬菌体 生物学特征 基因组分析 耐药菌治疗
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幽门螺杆菌阿莫西林稳定耐药克隆的筛选及其基因突变的检测 被引量：1
2
作者 陆秋丹 糜孟衡 +3 位作者 崔古贞 张峥嵘 吴晓娟 陈峥宏 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第1期39-44,共6页
目的探讨阿莫西林(AMX)不稳定耐药的幽门螺杆菌(Hp)演化成AMX稳定高水平耐药的表型及其突变基因的检测。方法以冻存后的Hp菌株H390作为出发菌株,在不断增加AMX浓度的培养基上连续传代,筛选对AMX耐药的克隆,检测耐药克隆的最小抑菌浓度(M... 目的探讨阿莫西林(AMX)不稳定耐药的幽门螺杆菌(Hp)演化成AMX稳定高水平耐药的表型及其突变基因的检测。方法以冻存后的Hp菌株H390作为出发菌株,在不断增加AMX浓度的培养基上连续传代,筛选对AMX耐药的克隆,检测耐药克隆的最小抑菌浓度(MIC),置于-80℃冻存3个月后再复苏,根据冻存后MIC下降情况判断其耐药性是否稳定。对获得的AMX最高MIC值的克隆H390r和出发菌株H390进行基因组测序分析和外排泵抑制试验,检测并鉴定与H390r获得的AMX高水平耐药性相关的基因突变。结果通过AMX筛选获得4个AMX高水平耐药克隆,MIC分别为12、32、64和≥256 mg/L,经-80℃冻存后,MIC均未发生改变。相比于亲本菌株H390,AMX稳定耐药克隆H390r存在多个基因的突变,包括与AMX耐药性相关的编码RND外排系统的hefC、编码孔蛋白的hopB与hopC和编码青霉素结合蛋白的ftsI。H390r在有外排泵抑制剂存在时对AMX的MIC大幅降低。结论AMX能够在不稳定耐药的Hp中筛选出稳定耐药的克隆;H390r存在与AMX耐药相关的hefC、hopB、hopC和ftsI基因突变。这些突变可能是H390r获得AMX稳定高水平耐药的主要原因。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 阿莫西林 不稳定耐药 稳定耐药
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鱼腥草共附生细菌组成及其对小鼠肠道菌群的影响
3
作者 陆秋丹 徐芳 +3 位作者 崔古贞 刘翔 张峥嵘 陈峥宏 《贵州农业科学》 CAS 2023年第8期85-92,共8页
【目的】了解鱼腥草共附生细菌的组成,以及小鼠食用新鲜鱼腥草对其肠道菌群的影响,为探明鱼腥草的药用价值及其相关机制提供参考。【方法】采用高通量测序技术对鱼腥草进行共附生细菌16S rRNA基因测序;试验组和对照组小鼠分别用鱼腥草(... 【目的】了解鱼腥草共附生细菌的组成,以及小鼠食用新鲜鱼腥草对其肠道菌群的影响,为探明鱼腥草的药用价值及其相关机制提供参考。【方法】采用高通量测序技术对鱼腥草进行共附生细菌16S rRNA基因测序;试验组和对照组小鼠分别用鱼腥草(试验组)和生理盐水(对照组)连续灌胃20 d,在灌胃前和停止灌胃7 d后分别采集试验组与对照组小鼠粪便进行细菌16S rRNA基因高通量测序分析。【结果】鱼腥草共附生细菌的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其相对丰度分别为85.45%、10.52%和1.63%。试验组中,灌胃后与灌胃前相比,小鼠粪便菌群中变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度并未增加;菌群多样性的Shannon指数显著增高。灌胃后,试验组较对照组小鼠粪便菌群结构有显著差异,在门分类水平上,试验组厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteroidetes)显著高于对照组。【结论】新鲜鱼腥草能增加小鼠肠道菌群的多样性以及调节小鼠肠道菌群结构;鱼腥草对小鼠肠道菌群的调节作用主要是通过调节厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteroidetes)的比值实现。 展开更多
关键词 鱼腥草 共附生细菌 肠道菌群 高通量测序 厚壁菌门 拟杆菌门
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fliL基因显著影响艰难拟梭菌运动功能及产孢能力 被引量：2
4
作者 鲍江舰 杨君仪 +8 位作者 邵瑞瑞 张婷 廖健 程玉梅 官志忠 齐晓岚 陈峥宏 洪伟 崔古贞 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1578-1595,共18页
鞭毛基底体相关FliL家族蛋白(flagellar basal body-associated FliL family protein,fliL)基因编码FliL蛋白,FliL是一种与鞭毛基体相结合的单跨膜蛋白。为研究艰难拟梭菌fliL基因功能,使用非等长同源臂偶联等位交换(allele-coupled exc... 鞭毛基底体相关FliL家族蛋白(flagellar basal body-associated FliL family protein,fliL)基因编码FliL蛋白,FliL是一种与鞭毛基体相结合的单跨膜蛋白。为研究艰难拟梭菌fliL基因功能,使用非等长同源臂偶联等位交换(allele-coupled exchange,ACE)方法成功构建了fliL基因缺失(ΔfliL)和回补(::fliL)突变株,研究突变菌株与野生型菌株(CD630)生长曲线、抗生素敏感性、pH耐受性、运动能力及产孢能力等表型的差异。结果显示,菌株ΔfliL生长速率及最大生物量均小于菌株CD630,::fliL回补菌株生长情况回复至野生型。与CD630菌株相比,ΔfliL对阿莫西林、氨苄青霉素、诺氟沙星的敏感性提高,对卡那霉素、四环素敏感性降低,::fliL抗生素敏感性部分回复至野生型水平。与CD630菌株相比,ΔfliL游泳运动能力显著降低,::fliL运动能力超越野生型菌株CD630。相比菌株CD630,菌株ΔfliL在pH值为5时耐受能力显著提高,在pH值为9时,耐受能力显著降低。除此之外,ΔfliL产孢能力较CD630显著降低,::fliL产孢能力部分恢复。以上结果表明,艰难拟梭菌fliL基因与其运动能力、抗生素敏感性、环境耐受能力和产孢能力密切相关,可能进一步影响艰难拟梭菌菌株的致病力。 展开更多
关键词 艰难拟梭菌 非等长同源臂偶联等位交换 鞭毛 fliL 突变株表型
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CD630_27900基因缺失显著降低艰难拟梭菌自溶速率、毒力及对酸和抗生素的耐受性
5
作者 杨君仪 鲍江舰 +8 位作者 邵瑞瑞 张婷 廖健 程玉梅 官志忠 齐晓岚 陈峥宏 崔古贞 洪伟 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2440-2455,共16页
艰难拟梭菌(Clostridioidesdifficile)CD630_27900基因位于slpA-cwp66基因座上,CD630_27900基因属于假定的Lmbe家族的酶,但基因功能尚未明确。【目的】本研究通过构建艰难拟梭菌CD630_27900基因敲除菌株,比较野生型菌株(CD630)与突变株... 艰难拟梭菌(Clostridioidesdifficile)CD630_27900基因位于slpA-cwp66基因座上,CD630_27900基因属于假定的Lmbe家族的酶,但基因功能尚未明确。【目的】本研究通过构建艰难拟梭菌CD630_27900基因敲除菌株,比较野生型菌株(CD630)与突变株表型差异,探讨CD630_27900基因对艰难拟梭菌感染的影响。【方法】用非等长同源臂偶联等位交换(allele-coupled exchange, ACE)构建CD630_27900基因缺失菌株与回补菌株。比较它们在生长曲线、自溶素(cwp19,Acd)基因表达、细胞毒力、主要毒素基因表达、抗生素及pH敏感性差异,以研究CD630_27900基因的功能。【结果】成功构建△CD630_27900突变菌株和::CD630_27900回补菌株。菌株△CD630_27900在衰亡期自溶速率显著低于菌株CD630,::CD630_27900自溶速率恢复。实时荧光定量聚合酶链反应(real-timefluorescencequantitative polymerasechainreaction,RT-qPCR)结果显示,缺失CD630_27900基因,自溶素cwp19、Acd基因表达量降低,::CD630_27900自溶素基因表达增强。相较于CD630,△CD630_27900菌株细胞毒力、毒素基因tcdA、tcdB表达量降低。相较于CD630,△CD630_27900对氨苄青霉素、甲硝唑、阿莫西林、万古霉素、诺氟沙星、头孢西丁、卡那霉素更加敏感,::CD630_27900对以上抗生素敏感性恢复。此外,△CD630_27900对酸比CD630敏感,对碱敏感性未发生变化。::CD630_27900对酸敏感性恢复至野生型水平。【结论】敲除CD630_27900基因,艰难拟梭菌自溶速率变慢、自溶素cwp19、Acd基因表达量降低、细胞毒力、毒素基因tcd A和tcd B降低,说明CD630_27900基因影响菌株自溶以及毒力释放。菌株△CD630_27900对临床上常见的抗生素及酸性环境更加敏感,且这些变化均可通过基因回补恢复。提示该基因可作为联合抗生素治疗艰难梭菌感染(Clostridioides difficile infection, CDI)的潜在靶点。 展开更多
关键词 艰难拟梭菌 CD630_27900基因 肽聚糖脱乙酰化 非等长同源臂偶联等位交换 突变表型
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