干扰OPN基因对贵州黑山羊卵巢颗粒细胞增殖、凋亡及繁殖相关基因的影响

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作者 马丝 夏薇 +5 位作者 温晓艳 潘智仁 付业海 刘彬 陆情梅 赵佳福 《畜牧与兽医》 北大核心 2025年第5期1-8,共8页

旨在探究骨桥蛋白(OPN)基因与贵州黑山羊卵巢颗粒细胞(OGCs)增殖和凋亡间的关系。以贵州黑山羊为研究对象,通过构建OPN基因的4个干扰载体,转染至OGCs,并采用实时荧光定量PCR技术检测不同干扰载体对OPN基因的抑制效率,筛选最佳干扰载体;... 旨在探究骨桥蛋白(OPN)基因与贵州黑山羊卵巢颗粒细胞(OGCs)增殖和凋亡间的关系。以贵州黑山羊为研究对象,通过构建OPN基因的4个干扰载体,转染至OGCs,并采用实时荧光定量PCR技术检测不同干扰载体对OPN基因的抑制效率,筛选最佳干扰载体;采用细胞计数试剂盒-8(CCK8)检测细胞增殖活力,细胞划痕试验检测其迁移能力;实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测与其相关的繁殖标记基因和凋亡相关基因的表达情况。结果:成功构建了OPN基因的4个干扰载体,与shRNA-NC组相比,shRNA-OPN-222、shRNA-OPN-385和shRNA-OPN-741均极显著抑制了OPN基因的表达(P<0.01),且shRNA-OPN-222抑制效果最佳;CCK8和细胞划痕试验结果表明,与shRNA-NC组相比,shRNA-OPN-222极显著抑制了OGCs的增殖活力和迁移能力(P<0.01);RT-qPCR结果发现沉默OPN基因极显著抑制了核心蛋白聚糖2(DCN2)、细胞色素P450家族19亚家族A肽1(CYP19A1)和雌激素受体1(ESR1)的基因表达(P<0.01),显著促进了β-连环蛋白结合因子2(CTNNB2)、胱天蛋白酶3(Caspase-3)和Bcl-2关联X蛋白(Bax)的基因表达(P<0.05),对铁蛋白重链1(FTH1)、胱天蛋白酶9(Caspase-9)的基因表达无显著影响。结论:干扰OPN基因,可以有效抑制OGCs的增殖和迁移,降低繁殖相关基因的表达水平,同时促进细胞的凋亡进程,这一研究为进一步阐明OPN基因影响山羊繁殖率的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 OPN基因 贵州黑山羊 卵巢颗粒细胞 细胞增殖 繁殖相关基因

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贵州省不同品种乌骨鸡各部位肤色对比分析 被引量：1

2

作者 龙霞 李辉 +5 位作者 王文亮 谭启松 赵德鹏 石钰仕 余欢 陈友波 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第9期9-14,共6页

旨在探讨贵州省4个地方乌骨鸡品种的肤色差异及其原因。选择普安乌金鸡、乌蒙乌骨鸡、赤水乌骨鸡和黔画乌鸡各60只(公母各半),使用3nh色差仪测量背部肤色、翅下肤色、胫色和鸡冠色,记录色差仪中亮度(L^(*))值、红度(a^(*))值、黄度(b^(... 旨在探讨贵州省4个地方乌骨鸡品种的肤色差异及其原因。选择普安乌金鸡、乌蒙乌骨鸡、赤水乌骨鸡和黔画乌鸡各60只(公母各半),使用3nh色差仪测量背部肤色、翅下肤色、胫色和鸡冠色,记录色差仪中亮度(L^(*))值、红度(a^(*))值、黄度(b^(*))值并进行统计分析。结果:各部位的L^(*)值显著相关(P<0.05),鸡冠的L^(*)、a^(*)、b^(*)值与几个部位的肤色具有显著差异(P<0.05),普安乌金鸡背部和翅下的L^(*)值显著低于其他3个品种(P<0.05),乌蒙乌骨鸡鸡冠的a^(*)值最高(P<0.05),黔画乌鸡4个部位的b^(*)值均较大。综上,鸡冠色与其他3个部位肤色差异较大,在贵州地方乌骨鸡品种中普安乌鸡肤色背部和翅下肤色最乌,乌蒙乌骨鸡鸡冠色偏红,黔画乌鸡肤色偏黄。 展开更多

关键词 贵州省 乌骨鸡 不同品种 肤色 选育

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柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响

3

作者 向进 熊力 +6 位作者 李维 谢婷婷 杨齐心 杨红文 王春源 吴燕 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1863-1872,共10页

【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一... 【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪繁殖性状指标(产活仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重)的关联性,并通过RNAfold web server、ExPASy-ProtParam、NovoPro和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。【结果】在柯乐猪XDH基因上共筛选获得12个SNPs位点,分别是第33内含子上的g.108047658C>G和g.108047680C>A位点,第34内含子上的g.108048009C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C、g.108048047C>T、g.108048054C>T、g.108048153A>T、g.108048208A>G、g.108048212T>C和g.108048242C>T位点,第34外显子上的g.108047915G>A位点。12个SNPs位点均存在3种基因型,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.50);g.108048047C>T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE>0.05),其余6个SNPs位点的基因型分布则显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。除g.108047658C>G位点与g.108047680C>A位点、g.108048044T>C位点与g.108048046T>C位点、g.108048046T>C位点与g.108048047C>T位点间存在强连锁不平衡关系外,其余各SNP位点间均不存在强连锁不平衡关系。g.108047658C>G和g.108047915G>A位点对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(P<0.05,下同),g.108047658C>G位点表现为CG基因型个体的产活仔数显著高于GG基因型个体,g.108047915G>A位点表现为AG基因型个体的产活仔数显著高于AA基因型个体。g.108047915G>A位点突变导致柯乐猪XDH基因mRNA二级结构发生改变,最小自由能由-1508.90 kcal/mol上升到-1507.80 kcal/mol;且XDH基因等位基因G的突变还导致其编码蛋白分子式、相对分子量、理论等电点(pI)、不稳定系数及蛋白高级结构发生改变。【结论】柯乐猪XDH基因第33内含子g.108047658C>G位点和第34外显子g.108047915G>A位点对其产活仔数的影响达显著水平,可作为柯乐猪繁殖性状改良的潜在分子辅助标记。 展开更多

关键词 柯乐猪 XDH基因 SNP位点 繁殖性状 产活仔数

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柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析

4

作者 向进 吴燕 +4 位作者 王春源 赵永 付红梅 丁义杰 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2495-2503,共9页

【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对... 【目的】明确骨形态发生蛋白7基因(BMP7)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,挖掘柯乐猪繁殖性状的分子辅助标记,为加速柯乐猪繁殖性能提升及推进其品种改良进程提供技术支撑。【方法】选取150头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查鉴定BMP7基因SNP位点,计算各SNP位点的群体遗传参数,并通过SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪总产仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重等6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因上共发现5个SNPs位点:g.57602289C>T(第2外显子)、g.57602334C>T(第2外显子)、g.57602404C>T(第2内含子)、g.57602418C>T(第2内含子)和g.57602561G>T(第2内含子),均存在3种基因型;5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT,对应的多态信息含量(PIC)介于0.358~0.375,均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50)。5个SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P_(HWE)>0.05),且各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系[LD系数(Dʼ)>0.800,相关系数(R^(2))>0.330]。关联分析结果显示,g.57602289C>T、g.57602334C>T和g.57602418C>T等3个位点TT基因型个体的初生窝重均显著高于CC基因型个体(P<0.05),TT基因型个体的断奶仔猪数极显著高于CC基因型和CT基因型个体(P<0.01,下同);g.57602404C>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于CC基因型个体;g.57602561G>T位点TT基因型个体的总产仔猪数极显著高于GG基因型个体。此外,双倍型H2H2和H3H3个体的总产仔数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重均高于其他双倍型个体,尤其是H2H2个体在断奶仔猪数和初生窝重方面表现出明显优势。【结论】在柯乐猪BMP7基因上发现的5个SNPs位点均与其繁殖性能存在较强的关联性,BMP7基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,而双倍型H2H2可作为繁殖性状分子标记辅助选择的参考。 展开更多

关键词 柯乐猪 BMP7基因 SNP位点 繁殖性能 关联分析

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柯乐猪TAC3R基因SNP位点鉴定及其对繁殖性状的影响

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作者 曾辅琴 谭元成 +7 位作者 黄雯 王春源 向进 吴燕 蒙炳盛 孟忠名 魏婷 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1502-1509,共8页

【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,筛选出与繁殖性状相关的遗传标记,为加速柯乐猪的品种改良提供技术支撑。【方法】选取195头2胎以上的健康经产柯乐猪为研究对象,运用Sanger直接测... 【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性能的关联性,筛选出与繁殖性状相关的遗传标记,为加速柯乐猪的品种改良提供技术支撑。【方法】选取195头2胎以上的健康经产柯乐猪为研究对象,运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点,利用SHEsisPlus计算各SNP位点的群体遗传参数,并以SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点基因型和双倍型对柯乐猪5个繁殖指标的遗传效应。【结果】在柯乐猪TAC3R基因上共检测到5个SNPs位点:g.117686266T>C、g.117686381A>G、g.117686384A>G、g.117688503T>C和g.117688518T>C。g.117686381A>G位点与g.117686384A>G位点间完全连锁,g.117688503T>C位点与g.117686266T>C、g.117686381A>G和g.117686384A>G位点间不存在连锁关系,而其他各SNP位点间均存在强连锁不平衡关系。5个SNPs位点联合共检测到5种单倍型和10种双倍型,单倍型中以H5的频率最高(0.433)、H2的频率最低(0.059),双倍型中以H3H5的频率最高(0.221)、H1H4的频率最低(0.031)。5个SNPs位点在柯乐猪群体中均呈中度多态性(0.25<PIC<0.50),且其基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(χ^(2)-HWE<5.991)。g.117688503T>C位点显著影响窝均产仔数和断奶仔猪数,TT基因型个体的窝均产仔数和断奶仔猪数显著高于CC基因型个体;g.117688518T>C位点显著影响断奶仔猪数,CC基因型个体显著高于TT基因型个体。柯乐猪TAC3R基因SNP位点双倍型与其繁殖性状的关联分析发现,H2H4型为窝均产仔数、窝均产活仔数和窝断奶仔猪数3个指标的最优双倍型,H1H3型为平均断奶重指标的最优双倍型。【结论】在柯乐猪TAC3R基因上检测到5个SNPs位点,其中g.117688503T>C和g.117688518T>C位点对柯乐猪的繁殖性能有显著影响。TAC3R基因可作为柯乐猪繁殖性状的候选基因,双倍型H2H4可作为分子标记辅助选择的参考。 展开更多

关键词 柯乐猪 TAC3R基因 SNP位点 繁殖性状 关联性

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贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究 被引量：4

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作者 谢海强 杨永强 +5 位作者 宋桃伟 孙岩岩 刘彬 罗卫星 张依裕 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第16期138-140,163,F0003,共5页

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋... 利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响。结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区。SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响。 展开更多

关键词 TFAM SNPS 肌内脂肪沉积 黔北麻羊 贵州白山羊

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贵州黄鸡体尺、屠宰性能、肉品质测定及相关分析 被引量：19

7

作者 李维 牟腾慧 +5 位作者 饶永超 杨德凤 龙广丽 林家栋 傅筑荫 张福平 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第8期163-166,共4页

为了探究贵州黄鸡的体尺、屠宰性能、肉品质与营养成分及其相关性,随机选择120日龄贵州黄鸡(公母各15羽)进行体尺、屠宰性能、肉品质测定。结果表明,平均活质量为(1811.24±340.84)g,平均屠体质量为(1540.28±307.73)g,平均半... 为了探究贵州黄鸡的体尺、屠宰性能、肉品质与营养成分及其相关性,随机选择120日龄贵州黄鸡(公母各15羽)进行体尺、屠宰性能、肉品质测定。结果表明,平均活质量为(1811.24±340.84)g,平均屠体质量为(1540.28±307.73)g,平均半净膛质量为(1399.59±300.20)g,平均全净膛质量为(1100.83±231.50)g,平均胸肌质量为(212.14±49.94)g,平均腿肌质量为(282.35±83.74)g。在贵州黄鸡体尺指标中,体斜长、龙骨长、胸深、髋骨宽、胫长与胸宽之间相关性不显著(P>0.05),胸深、胫围与髋骨宽之间相关性不显著(P>0.05),大部分体尺指标间都存在极显著(P<0.01)或显著性(P<0.05)正相关,并且大部分相关系数达到0.5以上,屠宰性能指标间存在极显著正相关性(P<0.01)。在体尺指标与屠宰性能指标之间,除胸肌质量与胸宽、腿肌质量与髋骨宽之间相关性不显著(P>0.05)外,其他指标间均呈极显著(P<0.01)或显著性(P<0.05)正相关。 展开更多

关键词 贵州黄鸡 体尺指标 屠宰性能 肉品质 营养成分 相关性分析

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贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测 被引量：3

8

作者 龙广丽 牟腾慧 +6 位作者 刘洋 饶永超 杨德凤 谭光辉 林家栋 傅筑荫 张福平 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1840-1848,共9页

【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后... 【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响。【结果】在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变。在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性。A234G位点突变对鸡MSTN基因m RNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变。鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高。【结论】MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究。 展开更多

关键词 贵州地方白羽鸡种 MSTN基因 肉质性状 SNP位点 多态性 生物信息学

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贵州地方山羊GnRHR基因多态性研究 被引量：3

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作者 张劲松 龙威海 +2 位作者 许厚强 冯文武 陈祥 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第8期97-99,297,共4页

为了分析山羊GnRHR基因外显子区序列的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNP)位点,试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对GnRHR基因进行SNP检测,同时结合... 为了分析山羊GnRHR基因外显子区序列的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNP)位点,试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对GnRHR基因进行SNP检测,同时结合在线软件预测不同基因型mRNA的二级结构。结果表明:在3个山羊品种中共检测到2个SNP位点,即G121A、G15A,其中G121A位于外显子1中且为同义突变,G15A位于内含子中。对外显子1 G121A SNP位点进行生物信息学分析显示,其导致mRNA二级结构发生改变。 展开更多

关键词 促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因 单核苷酸多态性(SNP) 外显子 贵州地方山羊 多态性

原文传递

0~6周龄贵州黄鸡赖氨酸需要量的研究 被引量：2

10

作者 饶永超 李维 +7 位作者 张芸 杨德凤 陈大海 王小亚 陈尚文 林家栋 施晓丽 张福平 《畜牧与兽医》 北大核心 2022年第6期34-39,共6页

为探究饲粮中不同赖氨酸水平对贵州黄鸡0~6周龄生长性能的影响,选取1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4个组,每个组设5个重复,每个重复20羽,分别采食赖氨酸水平为0.7%、0.9%、1.1%和1.3%的饲粮,并记录体重和采食量。结果显示:0~6周龄,0.9... 为探究饲粮中不同赖氨酸水平对贵州黄鸡0~6周龄生长性能的影响,选取1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4个组,每个组设5个重复,每个重复20羽,分别采食赖氨酸水平为0.7%、0.9%、1.1%和1.3%的饲粮,并记录体重和采食量。结果显示:0~6周龄,0.9%组平均日增重(ADG)显著高于0.7%、1.3%组(P<0.05),但与1.1%组差异不显著(P>0.05);0.9%组平均日采食量(ADFI)显著高于1.3%组(P<0.05),与0.7%、1.1%组差异不显著(P>0.05);0.9%组料重比(F/G)最低,显著低于0.7%组(P<0.05),但与1.1%、1.3%组差异不显著(P>0.05)。通过回归分析,分别建立赖氨酸与体重、ADG和ADFI的二次曲线回归方程,方程分别为y=-214.81+1460.41x-745.37x^(3),y=-7.84+39.05x-19.98x^(3),y=-4.22+64.41x-34.62x^(3),基于6周龄体重、0~6周龄ADG及0~6周龄ADFI,贵州黄鸡0~6周龄赖氨酸的适宜水平分别为0.98%、0.98%、0.93%。提示:推荐贵州黄鸡0~6周龄赖氨酸的适宜需要量为0.93%~0.98%。 展开更多

关键词 贵州黄鸡 赖氨酸 生长性能

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织金白鹅PPP3CA基因多态性及其与体尺性状的关联分析

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作者 赵中龙 张勇 +4 位作者 杨红 杨润黔 艾照碧 叶丽 舒畅 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期1729-1738,共10页

【目的】鉴定织金白鹅蛋白磷酸酶3催化亚基α(PPP3CA)的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并探究PPP3CA基因多态性对体尺性状的影响。【方法】以织金白鹅为试验对象,通过PCR扩增和Sanger直接测序法鉴定144羽织金白鹅PPP3CA基因SNPs位点,利用Exc... 【目的】鉴定织金白鹅蛋白磷酸酶3催化亚基α(PPP3CA)的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并探究PPP3CA基因多态性对体尺性状的影响。【方法】以织金白鹅为试验对象,通过PCR扩增和Sanger直接测序法鉴定144羽织金白鹅PPP3CA基因SNPs位点,利用Excel 2010软件对基因频率、基因型频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)进行计算,分析Hardy-Weinberg平衡状态,利用SPSS 25.0软件一般线性模型(GLM)中单因素方差分析144羽织金白鹅体尺性状指标与SNPs位点间的关联性。【结果】在织金白鹅PPP3CA基因内含子2、4区域处共发现9个SNPs位点,分别为g.58398 A>G、g.58504 A>G、g.58541 A>G、g.68997 A>G、g.69001 C>T、g.69034 C>T、g.69052 T>C、g.69070 T>C和g.69114 C>T。其中,除g.69034 C>T为低度多态性位点外(PIC<0.25),其余位点均为中度多态性位点(0.25<PIC<0.5)。χ^(2)检验结果表明,位点g.58398 A>G、g.69001 C>T、g.69070 T>C和g.69114 C>T符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),而位点g.58504 A>G、g.58541 A>G、g.68997 A>G、g.69034 C>T和g.69052 T>C均偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。关联分析结果发现,在g.58504 A>G和g.58541 A>G位点中,GG基因型个体的髋骨宽极显著或显著高于AA基因型(P<0.01;P<0.05)。【结论】织金白鹅PPP3CA基因共存在9个SNPs位点,其中g.58504 A>G与g.58541 A>G位点不同基因型与髋骨宽存在不同程度相关,表明以上位点可作为织金白鹅分子标记辅助选育参考位点,为深入研究鹅PPP3CA基因奠定理论基础。 展开更多

关键词 织金白鹅 PPP3CA基因 SNPS 体尺性状 关联分析

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味觉受体T1R1和T1R3在从江香猪附睾不同区段的差异表达 被引量：1

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作者 蒙利洁 黄梦婷 +3 位作者 徐永健 冯贤辀 刘文娇 龚婷 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1160-1169,共10页

【目的】明确从江香猪附睾中不同区段味觉受体T1R1和T1R3的定位及表达情况,为揭示猪附睾不同区段形成特殊微环境保障精子成熟的作用机制提供参考依据。【方法】采集初情期(30d)和性成熟期(180d)从江香猪附睾组织样品,分别采用实时荧光定... 【目的】明确从江香猪附睾中不同区段味觉受体T1R1和T1R3的定位及表达情况,为揭示猪附睾不同区段形成特殊微环境保障精子成熟的作用机制提供参考依据。【方法】采集初情期(30d)和性成熟期(180d)从江香猪附睾组织样品,分别采用实时荧光定量PCR、免疫组织化学、蛋白免疫印迹(Western blotting)等检测从江香猪附睾不同区段味觉受体T1R1和T1R3的定位及表达情况。【结果】味觉受体T1R1/T1R3的编码基因TAS1R1/TAS1R3均表现为附睾Ⅳ区的相对表达量显著高于其他区段(P<0.05,下同),而Ⅰ区的相对表达量显著低于其他区段,具体排序为Ⅳ区>Ⅴ区>Ⅱ区>Ⅲ区>Ⅰ区。免疫组织化学定位分析结果显示,在从江香猪附睾不同区段均检测到T1R1/T1R3不同程度的免疫阳性信号。其中,T1R1在附睾Ⅰ区主要定位于肌样细胞层与基细胞核;在附睾Ⅱ区主要定位于附睾上皮细胞、肌样细胞和精子细胞;在附睾Ⅲ区强烈定位于附睾管腔和微绒毛根部;附睾Ⅳ区为5个区段中表达最强烈的部位,定位于附睾管腔精子、管腔内缘和狭窄细胞膜上;在附睾Ⅴ区主要定位于附睾间质组织和狭窄细胞膜上。T1R3定位于附睾Ⅰ区血管内皮细胞、脱落生精细胞和附睾上皮细胞(尤其是基细胞);在附睾II区的精子、晕细胞和狭窄细胞上有较强表达;在附睾Ⅲ区和Ⅳ区主要定位于空泡化的附睾上皮细胞;在附睾Ⅴ区定位于附睾管不规则处和空泡化附睾上皮细胞,其表达强度仅次于Ⅲ区。Western blotting检测结果显示,从江香猪附睾Ⅳ区的T1R1/T1R3表达水平最高,其次是Ⅱ区,二者显著高于其他区段。【结论】初情期从江香猪附睾T1R1和T1R3的表达具有区段特异性和细胞特异性,以Ⅳ区的表达水平最高,且主要定位于附睾上皮细胞顶端、狭窄细胞和微绒毛根部,提示T1R1/T1R3在建立促进猪附睾精子成熟和储存的特殊腔内微环境中发挥重要作用。 展开更多

关键词 从江香猪 附睾 味觉受体 T1R1/T1R3 区段特异性 细胞特异性

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宫内发育迟缓猪胎盘SLC7A2基因过表达对滋养层细胞增殖和迁移的影响

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作者 胡光玲 伍治敏 +3 位作者 张才在 杨振清 张依裕 敖政 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1778-1786,共9页

【目的】探究溶质载体家族7成员2基因(SCL7A2)在正常初生重(NBW)和宫内发育迟缓(IUGR)猪胎盘中的表达差异,明确SCL7A2基因过表达对猪滋养层细胞(pTr2)增殖和迁移的影响,为揭示猪IUGR的发生发展机制提供参考依据。【方法】采用实时荧光定... 【目的】探究溶质载体家族7成员2基因(SCL7A2)在正常初生重(NBW)和宫内发育迟缓(IUGR)猪胎盘中的表达差异,明确SCL7A2基因过表达对猪滋养层细胞(pTr2)增殖和迁移的影响,为揭示猪IUGR的发生发展机制提供参考依据。【方法】采用实时荧光定量PCR检测NBW和IUGR胎盘中SLC7A2基因相对表达量,通过免疫组织化学试验分析NBW和IUGR胎盘组织中SLC7A2蛋白的定位分布及表达情况,利用CCK-8试验检测SLC7A2基因过表达对pTr2细胞增殖能力的影响,并以细胞划痕试验检测SLC7A2基因过表达对pTr2细胞迁移能力的影响。【结果】IUGR胎盘中的SLC7A2基因相对表达量极显著高于NBW胎盘(P<0.01,下同);SLC7A2蛋白在仔猪胎盘的滋养层细胞和血管内皮细胞中均有表达,且IUGR胎盘中的SLC7A2蛋白表达水平显著高于NBW胎盘(P<0.05,下同)。以构建的SLC7A2基因过表达载体(Vector-SLC7A2+)转染pTr2细胞,细胞中的SLC7A2基因相对表达量较pEGFP-C1阴性对照载体(Vector-NC)转染组极显著上调,但pEGFP-C1的相对表达量与Vector-NC转染组无显著差异(P>0.05)。以Vector-SLC7A2+和Vector-NC分别转染pTr2细胞后,Vector-SLC7A2+转染组的pTr2细胞增殖效果在转染后12、24、48和72 h显著或极显著低于Vector-NC转染组,pTr2细胞迁移率则表现为Vector-SLC7A2+转染组极显著低于Vector-NC转染组,表明SLC7A2基因过表达能有效抑制pTr2细胞的增殖和迁移能力。【结论】SLC7A2基因过表达会抑制猪胎盘滋养层细胞的增殖与迁移,影响胎盘的形态发育和母—胎间的营养转运效率,进而诱发猪IUGR的发生发展。 展开更多

关键词 猪 SLC7A2基因 胎盘 宫内发育迟缓(IUGR) 营养转运

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基于转录组测序的剑白香猪表皮颜色相关miRNA筛选与鉴定

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作者 赵德鹏 覃海 +3 位作者 毕欢 袁巍 张依裕 陈伟 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期670-679,共10页

【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序,以|log... 【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为试验材料进行转录组测序,以|log2FoldChange|≥1且错误发现率(FDR)≤0.05为标准,采用DESeq2筛选差异表达miRNA,使用miRanda和RNAhybrid预测差异表达miRNA靶基因并进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,构建差异表达miRNA、靶基因和KEGG信号通路互作网络,利用实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】从剑白香猪黑色和白色表皮中鉴定出280个已知miRNA和618个新miRNA,筛选出17个差异表达miRNA,白色表皮较黑色表皮有10个miRNA上调表达,7个miRNA下调表达。共预测获得1327个靶基因,GO功能注释分析结果显示,在生物学过程中,差异表达miRNA靶基因主要涉及上皮发育、细胞增殖和分解代谢过程等条目;在细胞组分和分子功能中,主要涉及细胞质、细胞质囊泡、ATP结合和催化活性等条目。KEGG信号通路富集结果显示,靶基因在磷脂酰肌醇信号系统、黑色素生成和细胞色素P450等信号通路富集,其中ssc-miR-615靶基因包括CALM3、CREBBP、FZD5和DVL2,其富集通路均与表皮色素沉着有关,ssc-miR-221-3p靶基因TYRP1和ssc-miR-224靶基因RAB23富集的通路与黑色素生成有关。选取7个差异表达miRNA与靶基因TYRP1和RAB23进行实时荧光定量PCR验证,结果表明差异表达miRNA的表达变化与转录组测序分析的变化趋势一致,TYRP1和RAB23在剑白香猪黑色表皮中的表达量极显著高于白色表皮(P<0.01)。【结论】ssc-miR-615、ssc-miR-221-3p和ssc-miR-224是影响剑白香猪表皮颜色的候选基因,可能对剑白香猪表皮的黑色素形成有重要影响。 展开更多

关键词 MIRNA 剑白香猪 表皮 黑色素 转录组

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基于转录组学和蛋白组学的鸡蛋绿壳性状形成分子机制研究

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作者 石钰仕 肖涛 +5 位作者 陈有波 余欢 赵德鹏 龙霞 谭启松 李辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期638-649,共12页

【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,... 【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,通过转录组测序和TMT定量蛋白组学技术分别筛选出差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs),并对转录组学和蛋白组学进行联合分析,筛选出调控绿壳鸡蛋颜色深浅的候选基因和候选蛋白。【结果】经转录组测序,从SL组与BK组间共筛选出82个DEGs,其中46个DEGs呈上调表达、36个DEGs呈下调表达;有4个DEGs与蛋壳色素的合成及沉积相关,分别是SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因,且均为上调表达的DEGs;KEGG信号通路分析结果显示,DEGs显著富集的信号通路有α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢等。通过TMT定量蛋白组学分析,共鉴定获得167个DEPs,其中104个DEPs呈上调表达、63个DEPs呈下调表达;KEGG信号通路富集分析发现,DEPs主要富集于甘油磷脂代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢及醚脂质代谢等信号通路。转录组学和蛋白组学的联合分析结果表明,转录组与蛋白组无共同注释的GO功能条目,而82个DEGs和167个DEPs富集到19条KEGG信号通路上,其中甘油磷脂代谢和醚脂类代谢2条信号通路在转录组与蛋白组中均有出现。【结论】SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因及FAM102A、FAM107B和SLCO1B1蛋白可能参与蛋壳色素的合成、转运和沉积,尤其是SLC家族发挥着重要作用,故推测这些基因和蛋白是影响赤水乌骨鸡蛋绿壳形成的候选基因和候选蛋白,且富集到的甘油磷脂代谢和醚脂类代谢可能是调节鸡蛋绿壳形成的关键信号通路。 展开更多

关键词 赤水乌骨鸡 胆绿素 绿壳性状 转录组学 蛋白组学

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都匀“红鲤”的群体结构及其多样性

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作者 张小洪 余科 +6 位作者 安苗 欧平勇 王邦平 杨胜同 李丽 李茂年 覃克斯 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期154-163,共10页

贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤... 贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤”及相邻地区的稻田鲤群体结构及其多样性。结果显示,253条Cyt b基因共检测到45个变异位点,界定了23个单倍型,都匀“红鲤”表现出9个单倍型,其中5个与对照的稻田鲤共享,个体数占其样本总数的76.19%。系统发育和神经网络结果表明,都匀“红鲤”是由远东鲤和华南鲤2个遗传差异小、分化等级高的亚种类群构成的混合群体,与国内鲤品种和对照稻田鲤之间有相同的母系来源。都匀“红鲤”中共享Hap22和4个独享单倍型的鱼归属远东鲤亚种,另外4个共享单倍型的鱼为华南鲤亚种。遗传多样性及分化分析显示,都匀“红鲤”2个亚种群体遗传变异程度低,均呈高单倍型多样性(Hd)和低核苷酸多样性(π)的特点;远东鲤亚种与对照稻田鲤间为中度分化,华南鲤亚种除了与锦屏间为高度分化外,与其余3个对照稻田鲤间的分化程度均较低,但因地理隔离及驯化过程中选择压力、创始人效应和遗传漂变,导致其遗传多样性下降,与对照群体产生遗传分化。研究表明,都匀及邻近地区稻田鲤群体间存在有限的遗传交流,群体内和群体间有不同的遗传结构。 展开更多

关键词 红鲤 Cyt b基因 遗传多样性 遗传分化

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务川黑牛STAT3基因启动子区SNPs与生长相关性状的关联分析 被引量：9

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作者 杨永强 焦仁刚 +5 位作者 龚俞 谢海强 惠嫣婷 张依裕 肖超能 刘若余 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1205-1212,共8页

为筛选STAT3基因启动子区SNPs及研究其对启动子功能元件和体尺性状的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点,PCR-RFLP进行验证和基因分型,并利用114头务川黑牛个体分析SNPs位点与8个体尺... 为筛选STAT3基因启动子区SNPs及研究其对启动子功能元件和体尺性状的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点,PCR-RFLP进行验证和基因分型,并利用114头务川黑牛个体分析SNPs位点与8个体尺性状的相关性。结果表明:STAT3基因5′调控区存在7个新SNPs位点,分别为:G-449A、C-341A、A-322G、C-246A、G-240A、C-225T、A-103T,提交SNP数据库得到登录号。生物信息学软件预测得到STAT3基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生。多态性位点对转录因子结合位点有显著影响,但并不改变CpG岛大小。关联性分析结果表明,A-322G对务川黑牛体重有极显著影响(P<0.01),A等位基因为有利等位基因。与AA或GG纯合基因型相比,AG基因型个体有更出色的体重性状。A-322G可能作为影响肉牛生长性状的重要功能性SNP,STAT3基因可能作为肉牛选种选育的候选基因,研究结果为进一步确定STAT3基因功能奠定试验基础。 展开更多

关键词 STAT3 SNP 启动子 务川黑牛 生长性状 关联分析

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牛SOCS5基因5′调控区多态性研究 被引量：1

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作者 杨永强 谢海强 +7 位作者 刘彬 孙岩岩 赵顺林 肖希希 龚俞 焦仁刚 张依裕 刘若余 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1362-1366,共5页

【目的】筛选SOCS5基因启动子区多态位点(SNP),并研究其对启动子功能元件的影响。【方法】选择贵州地方优良品种务川黑牛和中国荷斯坦奶牛两种生长性能差异明显的品种构建DNA池,直接测序后用DNASTAR软件进行序列拼接和校正,BLAST分析SO... 【目的】筛选SOCS5基因启动子区多态位点(SNP),并研究其对启动子功能元件的影响。【方法】选择贵州地方优良品种务川黑牛和中国荷斯坦奶牛两种生长性能差异明显的品种构建DNA池,直接测序后用DNASTAR软件进行序列拼接和校正,BLAST分析SOCS5基因多态性,然后用生物信息学软件预测序列核心启动子区和CpG岛,分析SNP位点对转录因子结合位点影响。【结果】牛SOCS5基因5'调控区和第1外显子区存在3个SNP位点,分别为:C-577T、T-43C和C+61T,其中C+61T与SNP数据库中的rs110977810信息相符,C-577T和T-43C为新发现SNP位点。生物信息学软件预测得到SOCS5基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生;SNP位点对转录因子结合位点有显著影响,但对核心启动子范围和起始位点无明显影响,不在甲基化水平上影响SOCS5基因表达水平。【结论】牛SOCS5基因5'调控区存在3个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点。 展开更多

关键词 SOCS5基因 SNP位点 启动子 CPG岛 贵州务川黑牛 中国荷斯坦奶牛

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兴义鸭MyoG基因SNPs检测及生物信息学分析 被引量：1

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作者 彭邦星 李辉 +2 位作者 易恒洁 赵忠海 卜小雁 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第8期72-76,289,共6页

为了探究鸭肌细胞生成素(Myo G)基因的基本功能和蛋白质结构,试验采用基因克隆法、混合DNA池测序法以及PCR产物直接测序法发现7个变异位点,即第1外显子G238C、C397G,第3外显子C8T,第5外显子G23A、G47A、C74T、G104C,使用蛋白质翻译软件... 为了探究鸭肌细胞生成素(Myo G)基因的基本功能和蛋白质结构,试验采用基因克隆法、混合DNA池测序法以及PCR产物直接测序法发现7个变异位点,即第1外显子G238C、C397G,第3外显子C8T,第5外显子G23A、G47A、C74T、G104C,使用蛋白质翻译软件对其进行分析。结果表明:Myo G基因第1外显子360碱基处有碱基的插入,此碱基的插入编码出了缬氨酸,因此导致鸭Myo G基因编码的氨基酸全部被推测出,极大地丰富了基因的多样性。利用生物信息软件对其进行分析,兴义鸭Myo G蛋白的二级结构包含12个α螺旋、2个β折叠、18个T转角、18个无规则卷曲。 展开更多

关键词 兴义鸭 肌细胞生成素(MyoG)基因 多态位点 基因突变 生物信息学

原文传递

DNA池快速筛查牛SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs

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作者 杨永强 焦仁刚 +2 位作者 龚俞 惠嫣婷 刘若余 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第13期149-151,共3页

选取务川黑牛为试验对象构建DNA池筛查SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs,结果首次在牛中发现CIS基因SNPs位点。在SOCS2基因中快速筛查到的3个SNPs均位于第4外显子内,其中G3456A(Glu→Lys)和G3810A(Val→Ile)为错义突变,T3599C为同义突变;在CI... 选取务川黑牛为试验对象构建DNA池筛查SOCS2、SOCS3和CIS基因SNPs,结果首次在牛中发现CIS基因SNPs位点。在SOCS2基因中快速筛查到的3个SNPs均位于第4外显子内,其中G3456A(Glu→Lys)和G3810A(Val→Ile)为错义突变,T3599C为同义突变;在CIS基因中发现5个SNPs,其中A4086G(Val→Met)为错义突变,位于第3外显子处,其余4个SNPs(C4410T、G4560A、C4566T和G5251C)均位于3'-UTR序列。 展开更多

关键词 DNA池 务川黑牛 SOCS2 SOCS3 CIS JAK—STAT

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