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题名蒺藜苜蓿UBC基因家族鉴定与分析
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作者
杨文静
高丽娜
郭玉朋
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机构
青海民族大学·青海省特色经济植物高值化利用重点实验室·生态环境与资源学院宁
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出处
《中文科技期刊数据库(全文版)自然科学》
2022年第1期083-088,共6页
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文摘
本研究以蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.)基因组数据为基础,鉴定了蒺藜苜蓿UBC基因家族成员,并对鉴定的成员做了相应的生物信息学分析。用hmmsearch对蒺藜苜蓿蛋白质序列搜索,剔除重复序列,并经SMART、CDD及Pfam数据库确认,最终得到 45个含有UBC结构域的基因家族成员。利用Bioperl计算了蛋白质等电点及分子量等参数,结果显示分子量最大的是KEH44371,121575.1;等电点最大的是KEH21093,9.71;基因家族成员蛋白长度在79aa~1104aa之间。用MEGA进行系统进化分析,该家族被分为4个亚家族。利用MEME搜索了蛋白质基序(motif),结果表明每个蛋白都包含UBC结构域的保守基序。GSDS网站绘制了基因结构图,标示了每个基因的外显子及内含子等位置。根据表达分析,冷处理下该家族大多数成员基因表达对冷胁迫有应答。文章的研究结果将为进一步通过功能分析,为研究该家族成员在冷胁迫应激中的作用及实际应用奠定基础。
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关键词
蒺藜苜蓿
UBC基因家族
冷胁迫
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分类号
S541
[农业科学—作物学]
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