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题名白刺NtBES1转录因子家族的鉴定及分析
被引量：2
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作者
王丽蓉
杜萌
易丹
王博
杨鑫光
李毅
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机构
青海民族大学青海省特色经济植物高值化利用重点实验室
甘肃农业大学林学院
青海民族大学青藏高原生态环境研究所
青海民族大学青藏高原资源化学与生态环境保护国家民委重点实验室
青海民族大学土地资源勘测与规划实验室
青海民族大学青藏高原种质资源研究与利用实验室
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期45-54,共10页
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基金
国家自然科学基金(31860118)
青海省自然科学基金(2021-ZJ-944Q)
+3 种基金
青海民族大学校级高层次人才项目(2018XJG07)
科技部对发展中国家常规性科技援助项目(KY202002011)
中央财政林业科技推广示范资金(17JR7WA018)
甘肃省林业科技创新与国际合作资金(GLC2019-418-8)。
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文摘
该研究基于白刺(Nitraria tangutorum)全长转录组数据,以白刺幼苗为材料,利用生物信息学手段,从转录组数据中鉴定白刺NtBES1家族成员,预测其理化性质、磷酸化位点、亚细胞定位,分析其保守结构域和系统进化关系;采用荧光定量PCR方法分析该家族基因在不同浓度PEG和NaCl处理下白刺叶片中的表达模式,为深入研究白刺NtBES1家族成员的功能以及白刺抗逆分子机理奠定基础。结果表明:(1)从白刺全长转录组中共鉴定出7个具有完整BES1_N保守结构域的NtBES1成员,分别命名为NtBES1-1~NtBES1-7。(2)NtBES1蛋白氨基酸数在86~422 aa之间,分子量在9.75~47.53 kD之间,等电点在5.29~10.22之间,不稳定指数范围在34.88~75.02之间,平均亲水系数均为负值。(3)亚细胞定位预测结果显示,NtBES1-6定位在细胞质中,其余6个成员均被定位在细胞核中。(4)系统发育树将7个成员分为3组,NtBES1-2、NtBES1-3和NtBES1-7为一组,NtBES1-1、NtBES1-5和NtBES1-6为一组,NtBES1-4单独为一组,且同组成员的结构、理化性质以及功能注释均相似。(5)经预实验筛选的表达水平较高的3个基因在胁迫下呈现不同的表达模式,其中:NtBES 1-2和NtBES 1-6仅在30%PEG胁迫2 h时表达上调;NtBES 1-2和NtBES 1-4在200 mmol/L NaCl处理2 h时表达量最高,在450 mmol/L NaCl处理12 h后3个基因的表达陆续开始上调,于24 h时表达量达到最高。研究认为,白刺NtBES1家族成员结构特征存在差异,且不同成员在白刺耐干旱和耐盐的过程中发挥不同的作用。
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关键词
BES1转录因子家族
白刺
生物信息学
表达模式
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Keywords
BES1 transcription factor family
Nitraria tangutorum
bioinformatics
expression pattern
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分类号
Q785
[生物学—分子生物学]
Q786
[生物学—分子生物学]
Q789
[生物学—分子生物学]
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