为了揭示蚕豆细胞器基因组密码子的使用模式,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件分别对蚕豆线粒体和叶绿体基因组的编码序列进行中性绘图、ENC-plot分析、PR2-plot分析以及密码子偏好性的影响因素分析,从中得到最优密码子.结果显示:蚕豆线粒...为了揭示蚕豆细胞器基因组密码子的使用模式,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件分别对蚕豆线粒体和叶绿体基因组的编码序列进行中性绘图、ENC-plot分析、PR2-plot分析以及密码子偏好性的影响因素分析,从中得到最优密码子.结果显示:蚕豆线粒体和叶绿体基因组的平均GC含量分别为46.48%和37.16%,密码子第3位碱基的平均GC含量分别为45.43%和27.10%;有效密码子数的范围分别为40.40~61.00和38.11~51.65,平均值分别为53.75和45.06;线粒体和叶绿体基因组中RSCU>1的密码子各有29个和30个,其中以A/U结尾的各有23个和29个,以C/G结尾的各有6个和1个.中性绘图分析显示,线粒体和叶绿体GC_(12)与GC_(3)之间的相关系数分别为0.374和0.145,相关性不具有统计学意义(P>0.05),回归系数分别为0.255和0.327;ENC-plot分析显示,大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot分析显示,碱基在使用频率方面U>A、G>C,说明蚕豆细胞器基因组密码子的偏好形成主要受到自然选择的影响.有39个密码子既满足高频率也满足高表达的条件,属于最优密码子,仅有1个GUA是线粒体和叶绿体共有的最优密码子.同线粒体基因组相比,蚕豆中叶绿体基因组比线粒体基因组更易受到自然选择的影响.展开更多
文摘为了揭示蚕豆细胞器基因组密码子的使用模式,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件分别对蚕豆线粒体和叶绿体基因组的编码序列进行中性绘图、ENC-plot分析、PR2-plot分析以及密码子偏好性的影响因素分析,从中得到最优密码子.结果显示:蚕豆线粒体和叶绿体基因组的平均GC含量分别为46.48%和37.16%,密码子第3位碱基的平均GC含量分别为45.43%和27.10%;有效密码子数的范围分别为40.40~61.00和38.11~51.65,平均值分别为53.75和45.06;线粒体和叶绿体基因组中RSCU>1的密码子各有29个和30个,其中以A/U结尾的各有23个和29个,以C/G结尾的各有6个和1个.中性绘图分析显示,线粒体和叶绿体GC_(12)与GC_(3)之间的相关系数分别为0.374和0.145,相关性不具有统计学意义(P>0.05),回归系数分别为0.255和0.327;ENC-plot分析显示,大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot分析显示,碱基在使用频率方面U>A、G>C,说明蚕豆细胞器基因组密码子的偏好形成主要受到自然选择的影响.有39个密码子既满足高频率也满足高表达的条件,属于最优密码子,仅有1个GUA是线粒体和叶绿体共有的最优密码子.同线粒体基因组相比,蚕豆中叶绿体基因组比线粒体基因组更易受到自然选择的影响.
