为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结...为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.展开更多
基金the National Natural Science Foundation of China under Grant No.60403014 (国家自然科学基金)the National High-Tech Research and Development Plan of China under Grant No.2006AA01Z159 (国家高技术研究发展计划(863))+4 种基金the National Basic Research Program of China under Grant No.2002CB312002 (国家重点基础研究发展计划(973))the Competitive Earmarked Research Grant of the University Grants Committee of Hong Kong China under Grant No.PolyU 5183/04E (大学教育资助委员会角逐研究用途基金(香港))the Natural Science Foundation of Jiangsu Province of China under Grant No.BK2006712 (江苏省自然科学基金)
基金supported by grants from The National NaturalScience Foundation of China (60773021, 60603054, 30621063,30800200)National Basic Research Program of China(2006CB910803,2006CB910706)+2 种基金Hi-Tech Research and Development Program of China(2006AA02A312)National S&T Major Project (2008ZX10002-016,2009ZX09301-002)State Key Laboratory of Proteomics(SKLP-Y200811)~~
文摘为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.
