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细菌核心基因组多位点序列分型(cgMLST)与溯源评价 被引量：11
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作者 朱丽萍 张文成 +2 位作者 颜世敢 陈蕾蕾 崔生辉 《畜牧与兽医》 北大核心 2021年第6期140-146,共7页
细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义。全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST... 细菌分型与溯源对食品安全监管、流行病学调查具有重要意义。全基因组分型技术以全基因组多位点序列分型(whole genome multilocus sequence typing,wgMLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)、全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)等为代表,具有分辨率高、重复性好的优点,能够实现精准溯源,逐渐成为细菌分型和溯源的主流技术。然而,wgMLST、wgSNP消耗巨大的计算资源,而且wgSNP对测序的准确性要求极高,推广难度大;相比之下,cgMLST需要较少的计算能力,应用性更强。本文重点介绍了细菌核心基因组的筛选、等位基因的赋值、cgMLST分型原理及操作步骤和细菌基因组溯源评价,为细菌的cgMLST分型与溯源提供了技术指导,有助于保证cgMLST分型结果的客观性和可比性。 展开更多
关键词 细菌 核心基因组多位点序列分型 溯源 评价
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